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"Clocks" se concebió durante las últimas sesiones de grabación del segundo álbum de Coldplay, A Rush of Blood to the Head. El vocalista Chris Martin llegó a altas horas de la noche al estudio, de pronto un acompañamiento de piano acudió a su mente y decidió escribirlo. Según Martin, "Clocks" se inspiró en la banda británica Muse. Martin presentó su idea al guitarrista Jon Buckland, quien le añadió acordes al tema básico: "Él [Jon Buckland] tomó su guitarra (una certera señal de que le gustaba la canción) y tocó esos brillantes acordes... Fue como el proceso de una reacción química".La letra de la canción presenta contradicciones y tiene un tono de desesperación. Chris Martin canta, según sus propias palabras, sobre un estado de "impotencia [...] en una relación disfuncional que no puede terminarse". La letra es críptica, y los versos finales de la segunda estrofa resaltan aun más esta característica: "Come out upon my seas/Cursed missed opportunities/Am I a part of the cure/Or am I part of the disease?". El título de la canción a la vez "alude metafóricamente" a la letra, "empujando al oyente a reflexionar sobre la obsesión del mundo con el tiempo, y lo conecta con la idea de que hay que aprovechar mientras estamos aquí, vivos y presentes".